{"id":26241,"date":"2023-06-01T17:53:31","date_gmt":"2023-06-01T15:53:31","guid":{"rendered":"https:\/\/www.teoresigroup.com\/thesis\/26233\/"},"modified":"2023-06-01T17:55:46","modified_gmt":"2023-06-01T15:55:46","slug":"26233","status":"publish","type":"thesis","link":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/thesis\/26233\/","title":{"rendered":"Test e Validazione di un modello matematico dei pathways metabolici del Sildenafil"},"content":{"rendered":"\n
\n
\n
Abstract<\/h5>\n\n\n\n

La ricerca biomedica \u00e8 multidisciplinare e utilizza approcci integrati, servendosi di modelli sperimentali diversi. I modelli sperimentali si suddividono in metodi biologici, modelli in vivo e in vitro, e metodi in silico, basati sull\u2019utilizzo del computer per creare i modelli necessari allo svolgimento di studi biologici.<\/p>\n\n\n\n

Lo scopo del presente elaborato di tesi \u00e8 di effettuare la validazione quantitativa di un modello di pathways metabolici, sviluppato da uno studente dell\u2019Universit\u00e0 di Pisa in collaborazione con Teoresi, per lo studio dell\u2019azione di farmaci, nel caso specifico del principio attivo Sildenafil contenuto nel farmaco Viagra. Il modello sviluppato consente di modellare il pathway metabolico NO\/cGMP che porta al rilassamento della muscolatura liscia. A seguito della validazione del modello, il secondo obiettivo del lavoro di tesi \u00e8 di effettuare uno studio di docking molecolare al fine di verificare l\u2019eventuale compatibilit\u00e0 dell\u2019utilizzo di Sildenafil per ulteriori applicazioni cliniche diversa da quelle gi\u00e0 approvate dai vari enti governativi. Lo studio di docking molecolare \u00e8 un metodo computazionale utilizzato per prevedere la possibile interazione tra una macromolecola, il recettore, ed una piccola molecola, il ligando, a partire dalle informazioni sulla loro struttura tridimensionale. In questo lavoro di tesi si vuole valutare la possibile applicazione del Sildenafil alla muscolatura liscia renale per il trattamento delle lesioni da ischemia e riperfusione renale. Il modello \u00e8 un modello sviluppato in Python, un linguaggio di programmazione ad alto livello orientato ad oggetti. Per lo studio di docking molecolare \u00e8 stato deciso di utilizzare come software Autodock Vina, programma open-source. I dati reali utilizzati per effettuare la validazione del modello sono stati ricavati da un\u2019analisi dei trials clinici, che prevedevano l\u2019utilizzo del principio attivo Sildenafil per il trattamento di diverse patologie, quali la disfunzione erettile o l\u2019ipertensione arteriosa polmonare, ad esempio.<\/p>\n\n\n\n

Obiettivo tesi<\/h5>\n\n\n\n

Obiettivo del presente elaborato di tesi \u00e8 quello di effettuare una validazione quantitativa del modello di pathways metabolici precedentemente sviluppato da una collaborazione tra Teoresi e l\u2019Universit\u00e0 di pisa, testando il modello utilizzando dati ricavati da trials clinici<\/em> effettuati utilizzando il principio attivo Sildenafil su pazienti affetti da diverse patologie. Ioltre, attraverso uno studio di docking molecolare verr\u00e0 valutata la possibile applicazione del Sildenafil sulla muscolatura liscia renale per il trattamento di una patologia precedentemente identificata, vale a dire le lesioni da ischemia\/riperfusione renale.<\/p>\n\n\n\n

Metodologia di ricerca<\/h5>\n\n\n\n

Validazione modello attraverso quattro test sperimentali in Python e simulazioni di docking molecolare.<\/p>\n\n\n\n

Conclusioni<\/h5>\n\n\n\n

Il modello presenta delle limitazioni: per bassi dosaggi (1,5, 20 mg) sottostima l\u2019andamento di concentrazione del principio attivo Sildenafil, mentre l\u2019andamento di concentrazione di cGMP si avvicina a quanto riportato in letteratura, per dosaggi elevatto (50, 60, 100 mg) vi \u00e8 una sovrastima di concentrazione residua di cGMP, mentre il modello si avvicina alla letteratura per quanto riguarda la concentrazione di Sildenafil. Lo studio di docking molecolare ha evidenziato come possibile nuova molecola target del Sildenafil per il trattamento della patologia renale identificata le Calpaine, ma non le Caspasi-3. Il Sildenafil si inserisce nella tasca idrofobica della Calpaina cos\u00ec come il suo inibitore chimico PD150606. Lo studio di docking molecolare sembrerebbe confermare quanto riportato in letteratura, ovvero che l\u2019attivazione delle Calpaine sia a monte dell\u2019attivazione delle Caspasi-3 nell\u2019apoptosi e che un\u2019inibizione dell\u2019attivit\u00e0 Caspasi-3 a seguito dell\u2019assunzione di Sildenafil sia dovuta ad un\u2019inibizione delle Calpaine.<\/p>\n\n\n\n

Sviluppi futuri<\/h5>\n\n\n\n

In futuro si prevede l\u2019ottimizzazione del modello per consentire la simulazione anche in condizioni patologiche e validare quantitativamente il modello, rivalutanto, ad esempio, le ipotesi e semplificazioni adottate per lo sviluppo del modello o implementando ulteriori funzioni per consentire la descrizione dell\u2019intero metabolismo. Si prevede, inoltre, l\u2019identificazione di ulteriori molecole target per il trattamento della patologia renale utilizzando il Sildenafil e uno studio di docking molecolare per verificare la possibile interazione con tali molecolare. \u00a0<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"featured_media":0,"template":"","university":[177],"thesis_type":[255],"keyword":[497,498,187,499],"class_list":["post-26241","thesis","type-thesis","status-publish","hentry","university-universita-degli-studi-di-napoli-federico-ii-it","thesis_type-python-it","keyword-autodock-vina","keyword-metabolic-pathways","keyword-python","keyword-sildenafil"],"yoast_head":"\nTest e Validazione di un modello matematico dei pathways metabolici del Sildenafil - Teoresi Group<\/title>\n<meta name=\"robots\" content=\"noindex, follow\" \/>\n<meta property=\"og:locale\" content=\"it_IT\" \/>\n<meta property=\"og:type\" content=\"article\" \/>\n<meta property=\"og:title\" content=\"Test e Validazione di un modello matematico dei pathways metabolici del Sildenafil - Teoresi Group\" \/>\n<meta property=\"og:description\" content=\"Abstract La ricerca biomedica \u00e8 multidisciplinare e utilizza approcci integrati, servendosi di modelli sperimentali diversi. I modelli sperimentali si suddividono in metodi biologici, modelli in vivo e in vitro, e metodi in silico, basati sull\u2019utilizzo del computer per creare i modelli necessari allo svolgimento di studi biologici. Lo scopo del presente elaborato di tesi \u00e8 di effettuare la validazione quantitativa...\" \/>\n<meta property=\"og:url\" content=\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/\" \/>\n<meta property=\"og:site_name\" content=\"Teoresi Group\" \/>\n<meta property=\"article:publisher\" content=\"https:\/\/www.facebook.com\/pages\/Gruppo-Teoresi\/118393464917205\" \/>\n<meta property=\"article:modified_time\" content=\"2023-06-01T15:55:46+00:00\" \/>\n<meta property=\"og:image\" content=\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/wp-content\/uploads\/2021\/02\/og-image.jpg\" \/>\n\t<meta property=\"og:image:width\" content=\"1200\" \/>\n\t<meta property=\"og:image:height\" content=\"630\" \/>\n\t<meta property=\"og:image:type\" content=\"image\/jpeg\" \/>\n<meta name=\"twitter:card\" content=\"summary_large_image\" \/>\n<script type=\"application\/ld+json\" class=\"yoast-schema-graph\">{\"@context\":\"https:\/\/schema.org\",\"@graph\":[{\"@type\":\"WebPage\",\"@id\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/\",\"url\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/\",\"name\":\"Test e Validazione di un modello matematico dei pathways metabolici del Sildenafil - Teoresi Group\",\"isPartOf\":{\"@id\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#website\"},\"datePublished\":\"2023-06-01T15:53:31+00:00\",\"dateModified\":\"2023-06-01T15:55:46+00:00\",\"breadcrumb\":{\"@id\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/#breadcrumb\"},\"inLanguage\":\"it-IT\",\"potentialAction\":[{\"@type\":\"ReadAction\",\"target\":[\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/\"]}]},{\"@type\":\"BreadcrumbList\",\"@id\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/#breadcrumb\",\"itemListElement\":[{\"@type\":\"ListItem\",\"position\":1,\"name\":\"\",\"item\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/\"},{\"@type\":\"ListItem\",\"position\":2,\"name\":\"Test e Validazione di un modello matematico dei pathways metabolici del Sildenafil\"}]},{\"@type\":\"WebSite\",\"@id\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#website\",\"url\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/\",\"name\":\"Teoresi Group\",\"description\":\"Engineering for Human life.\",\"publisher\":{\"@id\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#organization\"},\"potentialAction\":[{\"@type\":\"SearchAction\",\"target\":{\"@type\":\"EntryPoint\",\"urlTemplate\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/?s={search_term_string}\"},\"query-input\":{\"@type\":\"PropertyValueSpecification\",\"valueRequired\":true,\"valueName\":\"search_term_string\"}}],\"inLanguage\":\"it-IT\"},{\"@type\":\"Organization\",\"@id\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#organization\",\"name\":\"Teoresi Group\",\"url\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/\",\"logo\":{\"@type\":\"ImageObject\",\"inLanguage\":\"it-IT\",\"@id\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#\/schema\/logo\/image\/\",\"url\":\"https:\/\/www.teoresigroup.com\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/teoresi-logo-color.svg\",\"contentUrl\":\"https:\/\/www.teoresigroup.com\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/teoresi-logo-color.svg\",\"width\":1,\"height\":1,\"caption\":\"Teoresi Group\"},\"image\":{\"@id\":\"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#\/schema\/logo\/image\/\"},\"sameAs\":[\"https:\/\/www.facebook.com\/pages\/Gruppo-Teoresi\/118393464917205\",\"https:\/\/www.instagram.com\/teoresigroup\/\",\"https:\/\/www.linkedin.com\/company\/teoresigroup\/\",\"https:\/\/www.youtube.com\/channel\/UCNdBBSSax2EWPmFk5QzYP8Q\"]}]}<\/script>\n<!-- \/ Yoast SEO plugin. -->","yoast_head_json":{"title":"Test e Validazione di un modello matematico dei pathways metabolici del Sildenafil - Teoresi Group","robots":{"index":"noindex","follow":"follow"},"og_locale":"it_IT","og_type":"article","og_title":"Test e Validazione di un modello matematico dei pathways metabolici del Sildenafil - Teoresi Group","og_description":"Abstract La ricerca biomedica \u00e8 multidisciplinare e utilizza approcci integrati, servendosi di modelli sperimentali diversi. I modelli sperimentali si suddividono in metodi biologici, modelli in vivo e in vitro, e metodi in silico, basati sull\u2019utilizzo del computer per creare i modelli necessari allo svolgimento di studi biologici. Lo scopo del presente elaborato di tesi \u00e8 di effettuare la validazione quantitativa...","og_url":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/","og_site_name":"Teoresi Group","article_publisher":"https:\/\/www.facebook.com\/pages\/Gruppo-Teoresi\/118393464917205","article_modified_time":"2023-06-01T15:55:46+00:00","og_image":[{"width":1200,"height":630,"url":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/wp-content\/uploads\/2021\/02\/og-image.jpg","type":"image\/jpeg"}],"twitter_card":"summary_large_image","schema":{"@context":"https:\/\/schema.org","@graph":[{"@type":"WebPage","@id":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/","url":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/","name":"Test e Validazione di un modello matematico dei pathways metabolici del Sildenafil - Teoresi Group","isPartOf":{"@id":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#website"},"datePublished":"2023-06-01T15:53:31+00:00","dateModified":"2023-06-01T15:55:46+00:00","breadcrumb":{"@id":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/#breadcrumb"},"inLanguage":"it-IT","potentialAction":[{"@type":"ReadAction","target":["https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/"]}]},{"@type":"BreadcrumbList","@id":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/thesis\/26233\/#breadcrumb","itemListElement":[{"@type":"ListItem","position":1,"name":"","item":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/"},{"@type":"ListItem","position":2,"name":"Test e Validazione di un modello matematico dei pathways metabolici del Sildenafil"}]},{"@type":"WebSite","@id":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#website","url":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/","name":"Teoresi Group","description":"Engineering for Human life.","publisher":{"@id":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#organization"},"potentialAction":[{"@type":"SearchAction","target":{"@type":"EntryPoint","urlTemplate":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/?s={search_term_string}"},"query-input":{"@type":"PropertyValueSpecification","valueRequired":true,"valueName":"search_term_string"}}],"inLanguage":"it-IT"},{"@type":"Organization","@id":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#organization","name":"Teoresi Group","url":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/","logo":{"@type":"ImageObject","inLanguage":"it-IT","@id":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#\/schema\/logo\/image\/","url":"https:\/\/www.teoresigroup.com\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/teoresi-logo-color.svg","contentUrl":"https:\/\/www.teoresigroup.com\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/teoresi-logo-color.svg","width":1,"height":1,"caption":"Teoresi Group"},"image":{"@id":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/de\/#\/schema\/logo\/image\/"},"sameAs":["https:\/\/www.facebook.com\/pages\/Gruppo-Teoresi\/118393464917205","https:\/\/www.instagram.com\/teoresigroup\/","https:\/\/www.linkedin.com\/company\/teoresigroup\/","https:\/\/www.youtube.com\/channel\/UCNdBBSSax2EWPmFk5QzYP8Q"]}]}},"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/wp-json\/wp\/v2\/thesis\/26241","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/wp-json\/wp\/v2\/thesis"}],"about":[{"href":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/wp-json\/wp\/v2\/types\/thesis"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/wp-json\/wp\/v2\/thesis\/26241\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":26244,"href":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/wp-json\/wp\/v2\/thesis\/26241\/revisions\/26244"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=26241"}],"wp:term":[{"taxonomy":"university","embeddable":true,"href":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/wp-json\/wp\/v2\/university?post=26241"},{"taxonomy":"thesis_type","embeddable":true,"href":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/wp-json\/wp\/v2\/thesis_type?post=26241"},{"taxonomy":"keyword","embeddable":true,"href":"https:\/\/teoresi.sixeleven.it\/it\/wp-json\/wp\/v2\/keyword?post=26241"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}